Research

Joint Project „de.NBI – Partner: de.STAIR“
Research focuses on RNA-Seq analysis, to develop best practices and user-friendly workflows for processing and integrating gene expression data as well as to provide assistance for experiment design, analysis and interpretation. The variety of RNA-Seq study designs and characteristic properties of studied organisms greatly affect bioinformatics analysis. As part of the RNA Bioinformatics center (RBC), which supports all RNA-related research within de.NBI, de.STAIR summarizes the expertise of three participating laboratories to develop and maintain an flexible RNA-Seq analysis workbench for different RNA-Seq protocols, to be used locally or in a cloud environment as provided by the open source Galaxy platform for biomedical research. In addition, de.STAIR provides workshops, training programs and screencasts for experts and non-experts to lower the barriers to RNA-Seq data analysis.

Verbundprojekt „de.NBI – Partner: de.STAIR“

Das de.NBI-Partner-Verbundprojekt de.STAIR beschäftigt sich mit der Analyse von RNA-Sequenzierungen. Ziel des Projektes ist es, benutzerfreundliche Arbeitsabläufe zur Analyse und Integration von Genexpressionsdaten zu entwickeln und praktische Hilfestellung bei der Auswertung von RNA-Sequenzierungsexperimenten zu geben. In diesem Bereich ist die sogenannte RNA-Seq mittlerweile zu einem weit verbreiteten Werkzeug geworden, mit deren Hilfe die Genexpression quantitativ und qualitativ untersucht werden kann. Die Qualität der RNA-Sequenzierung schwankt jedoch: Die Vielfalt der Studiendesigns, die große Anzahl von RNA-Seq-Protokollen sowie die charakteristischen Eigenschaften der untersuchten Organismen haben großen Einfluss auf nachgelagerte Analysen.

Das de.STAIR-Projekt soll daher die Werkzeuge und Arbeitsabläufe des de.NBI-RNA-Bioinformatik-Zentrums (RBC) um weitere Werkzeuge ergänzen mit dem Ziel, die Rohdaten-Analyse und die umfassende Integration von Genexpressionsdaten weiter zu verbessern. Zudem ist vorgesehen, bereits verfügbare Algorithmen weiterzuentwickeln und zu optimieren. Die Arbeitsabläufe und automatisierten Verarbeitungsketten (die sogenannten „Processing Pipelines“) zur Analyse von RNA-Seq Daten werden dabei – in Abstimmung mit dem RBC – von den drei Teilprojektpartnern gemeinsam entwickelt. Zudem ist geplant, spezielle Trainingsmaßnahmen für Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler anzubieten, um Hürden bei der RNA-Seq-Datenanalyse zu verringern.

Source: https://gesundheitsforschung-bmbf.de/de/de-nbi-partner-de-stair-4852.php